Dès le début des années 1970 les premières réactions et manifestations importantes ont lieu dans la région de l’étang de Berre pour protester contre la dégradation de l’environnement. En décembre 1973 les pêcheurs barrent les ports du golf de Fos. Le constat est là : pour sauver l’étang de Berre des mesures urgentes et globales sont nécessaires. La lutte contre la pollution vise aussi bien les pollutions industrielles et domestiques que les rejets d'eau douce par la centrale EDF de Saint-Chamas. Elle se double de mesures en faveur des activités maritimes et d'une politique active de suivi écologique et de conservation de la nature.
Selon le décret du 3 juin 1994, relatif à la collecte et au traitement des eaux usées, un vaste programme est lancé pour réduire de 50 % les rejets d’azote et de phosphore dans l’étang par les eaux usées d’origine domestiques. Toutes les communes de plus de 10 000 habitants situées dans le bassin versant de l’étang sont concernées, mais la mise en conformité prévue initialement pour le 31 décembre 1998 à pris du retard.
La Direction Régionale de l’Industrie de la Recherche et de l’Environnement (DRIRE) s’est fixée comme but d’améliorer la qualité de l’eau en supprimant les flux polluants et en construisant des bassins de confinement pour les eaux accidentellement polluées et les eaux de pluies afin de prévenir les pollutions.
En 1995 la création du bassin de décantation pour réduire les apports de limons est définitivement abandonnée par EDF. En contrepartie le Ministère de l’Environnement ordonne à EDF de réduire de 35 % en moyenne sur l’année les apports d’eaux douces et de limons. Un programme de lissage est mis en place pour étaler les rejets sur l’année et ne pas dépasser 400 millions de m3 entre mai et septembre. Mais ces mesures n’ont pas permis à l’étang de retrouver une vie marine. Saisie par la coordination des pêcheurs de l’étang, le 7 octobre 2004 la cours européenne de justice a condamné la France pour infraction du fait de la pollution massive et prolongée de l’étang de Berre par les rejets de la centrale de Saint-Chamas.
Afin de se donner les moyens de réaliser la deuxième phase du plan de reconquête de l'étang, il a été créé un établissement public environnemental : le GIPREB (Groupement d’intérêt public pour la réhabilitation de l’étang de Berre). Cet établissement est chargé de coordonner la mise en oeuvre du programme de sauvegarde écologique et de mise en valeur de l'étang de Berre. Cet établissement regroupe des acteurs publics et privés (État, associations d’usagers et de professionnels, collectivités territoriales) et bénéficie de financements publics (État, Conseil Général, Conseil Régional, Agence de l’eau...) et privés (EDF PACA...). Trouver une solution au problème de l’étang de Berre implique de prendre en compte les avis de toutes les personnes et entreprises concernées, en proposant une solution globale à tous les différents aspects du problème. L’étude des propositions est en cours.
Source d’après le rapport du sénat n° 312, Création Établissement public d'aménagement de l'étang de Berre (1996-1997), http://www.senat.fr/rap/l96-312/l96-312_mono.html et Bilan des connaissances, État de santé du milieu de l’Étang de Berre, GIPREB, 2002 - http://www.etangdeberre.org/GIPREB/pdf/GIPREBrapScientifique.pdf