L’étang de Berre se situe dans une cuvette communiquant naturellement avec le golfe de Fos par le chenal de Caronte, une ancienne vallée au tracé sinueux, creusée progressivement par l'érosion de petits fleuves côtiers. Cette vallée a ensuite été remblayée, puis submergée après une montée du niveau marin vers 6000 avant J.C. créant l’étang de Berre.
L'étang tel que nous le connaissons existe depuis 7000 ans. Des fouilles préhistoriques montrent qu'à l'époque, ses ressources vivantes étaient abondamment exploitées et que poissons et coquillages étaient des espèces marines. Le commerce du sel de l'étang est attesté dès l'Age du bronze, soit entre -2500 et 1000 ans avant J.C.
Un phénomène de sédimentation a colmaté progressivement la voie de communication naturelle entre l’étang et la mer. Les apports des fleuves entraînant une baisse progressive de la salinité des eaux, l’étang est devenu un étang d’eau douce.
Au 1er siècle avant J.C., les Romains creusèrent un canal reliant de manière intermittente l’étang à la mer Méditerranée : de douces les eaux devinrent saumâtre. Ce changement entraîna le développement d’une faune et d’une flore spécifiques de ce type de milieu, plus importante en biomasse que celle d’un étang d’eau douce. Ainsi mis en valeur, l’étang a vu développer sur ses rives un grand nombre d’activités économiques, bien souvent à partir des ressources directes ou indirectes offertes par l’étang. Il était d’ailleurs déjà renommé à l’antiquité pour l'abondance des pêches et les seigneurs du Moyen Age se réservaient le privilège de son exploitation.
En 1863, en 1874 puis en 1925, un élargissement progressif canal de Caronte fut entrepris pour permettre à des navires de tonnages croissants de passer entre la mer et l’étang. En 1926, le creusement du canal du Rove reliant l’étang à la rade de Marseille fut achevé.
Ces deux voies de communications creusées par l’Homme entre l’étang et la mer ont entraînée une modification bénéfique du milieu naturel : sans le creusement du canal maritime de Caronte l’étang serait aujourd’hui une vasière en voie de comblement. La salinisation progressive des eaux entraîna la disparition de certaines espèces typiquement d’eau douce, mais l’étang devint un paradis nourricier pour les habitants de ses rives avec la présence abondante de bars, rougets, daurades, moules, oursins, etc. En plus la pêche, l’activité salière se développa avec la construction de salines, qui permirent la récolte et l’exportation de sel ou « or blanc ». Les conditions de cette exploitation étaient idéales car la quantité d’eau qui s’évaporait par an était sensiblement égale à celle apporté par les pluies.
L’écroulement du canal du Rove en 1963, puis en 1966 la création du canal EDF - une dérivation des eaux douces de la Durance vers l’étang suite à la mise en service de l’usine hydroélectrique de Saint Chamas – ont bouleversé l’équilibre de l’étang : dessalure très importante de ses eaux, surélévation des fonds et anoxie assez nette dans les zones les plus calmes.
Source : d’après http://logique.club.fr/eb.htm#marin et http://assoc.orange.fr/mnle13/Pages/etang/etanexpo.html#GEOLOGIE