L’étang de Berre est victime d’un lent phénomène de comblement par des apports en limons d’origines variées. Des limons sont naturellement apportés par les cours d’eaux, mais leur quantité reste faible comparée aux 450 000 tonnes par an apportées en moyenne par les eaux de la centrale électrique de Saint-Chamas.
En 1925, l’étang comptait encore des fonds de 10 mètres, en 1962, ils avaient disparus. L’envasement de l’étang de Berre est donc antérieur à l’ouverture de la centrale de Saint-Chamas en 1966, cependant, le phénomène de comblement s’est accéléré depuis l’ouverture de la centrale électrique.
À proximité de la centrale, l’accumulation de sédiments est très rapide et dès 1972, on relève une épaisseur de vase d’environ un mètre, puis de deux mètres en 1980. Au début des années 1990 les secteurs les plus profonds de l’étang ne dépassent pas 9,4 mètres.
En plus du comblement de l’étang, ces apports en limons ont un impact négatif sur les espèces animales et végétales. En effet, les limons en suspension empêchent la lumière solaire de pénétrer au delà de 4 à 5 m de profondeur dans l'eau. Ce manque de lumière limite la croissance des plantes aquatiques et réduit la photosynthèse qui contribue à l’aération de l’eau. Les autres organismes vivants manquent alors d’oxygène, ce qui limite leur développement. Par ailleurs, les matières en suspension peuvent gêner ou tuer les poissons par bouchage des branchies.
Bilan des connaissances, État de santé du milieu de l’Étang de Berre, GIPREB, 2002 - http://www.etangdeberre.org/GIPREB/pdf/GIPREBrapScientifique.pdf et http://www.senat.fr/rap/l96-312/l96-3121.html