La crise d'extinction massive et rapide des cichlidés du lac Victoria est directement liée à l'invasion biologique par la perche du Nil. Ce poisson vorace à croissance rapide se nourrit de zooplancton et de poissons. Parmi ces derniers un certain nombre se nourrit de phytoplancton. En leur absence, on observe une explosion d'algues vertes qui se décomposent et favorisent l'anoxie du milieu. Cette anoxie provoque une asphyxie des plantes, poissons et amphibiens, et donc une baisse de la biodiversité. L'abondance de perches du Nil a également modifié les pratiques locales de conservation des produits de la pêche : les habitants ne sèchent plus les petits poissons au soleil mais fument les perches au feu de bois. Ainsi, les abords du lac sont déforestés et la mise à nu des sols favorise leur lessivage par ruissellement. Les sédiments ainsi transportés vers le lac troublent les eaux. Cette turbidité des eaux empêche la reconnaissance des attributs nuptiaux des mâles colorés par les femelles au moment de la reproduction ; les femelles orientent alors leurs choix vers des mâles de plus grande taille plutôt qu'en fonction des spécificités de leur coloration. Ce changement de comportement réduit la palette de choix des partenaires, affectant de cette manière les processus de reproduction et de diversification des cichlidés. A cela, et en raison de l'explosion démographique de la population humaine dans la région, s’ajoutent les effets d'un développement de l'urbanisme et de l'agriculture aux abords du lac, qui conduisent à la pollution et au déversement d'éléments nutritifs dans les eaux. L'eutrophisation qui en résulte favorise la prolifération importante des jacinthes d'eau dans certains secteurs, et donc l’anoxie du milieu, car elles forment un immense tapis végétal opaque à la lumière du soleil.