Les polypes ont des algues microscopiques cachées dans leur peau. On les appelle zooxanthelles et dinoflagellés. Ils vivent en symbiose : le jour, les algues utilisent la lumière et les gaz (CO2) rejetés par la respiration des polypes pour fabriquer la matière organique (c'est la photosynthèse). Cette matière organique permet la croissance des coraux. La nuit, sans lumière, les algues ne photosynthétisent plus ; les polypes étalent leurs tentacules urticants pour chasser. Les coraux à symbiotes algaires sont intolérants, en ce sens qu'ils ne prolifèrent que dans des fourchettes de température, de salinité et de profondeur bien déterminées : entre 18 et 36 °C (optimum 25-29 °C) pour la température, entre 27 ‰ et 40 ‰ (optimum 36 ‰) pour la salinité, et à moins de 70 mètres de profondeur (optimum de 0 à 20 m). En cas d'expulsion des zooxanthelles, le corail perd ses pigments et donc devient blanc. C'est ce que l'on appelle le « blanchissement » qui, s'il se prolonge peut être fatal à la colonie. C'est le calcaire qui donne cette blancheur aux coraux lorsqu'ils sont dépourvus de zooxanthelle.