La forêt amazonienne disparaît au rythme de 20 000 à 25 000 km² par an. Les raisons de cette déforestation galopante sont connues, mais des risques nouveaux apparaissent. L'exploitation du bois est la plus ancienne cause de déforestation, elle n’est plus aujourd'hui la cause principale de déforestation. Seules une trentaine d'essences de bois précieux sont exploitées commercialement, essentiellement vers l'Europe. L'exploitation réalisée par les 3 000 compagnies brésiliennes ou étrangères est bien surveillée, assez organisée, mais seule une petite fraction des surfaces exploitées est reboisée. Cependant, l'exploitation clandestine alimente une réelle économie parallèle (abattage, scierie, transport et commercialisation) : 80 % du bois exploité l'est illégalement, et même le bois commercialisé est d'origine clandestine à plus de 70 % ! Une autre cause de déforestation est l'élevage bovin extensif. Les surfaces nécessaires sont nettoyées au bulldozer, brûlées et défoliées. De même, l’exploitation minière (métaux et minéraux précieux) provoque une déforestation à grande échelle pour permettre l’installation d’infrastructures importantes. Mais la principale cause de déforestation actuelle est le soja. Le Brésil, avec une récolte annuelle de 50 millions de tonnes, est depuis peu le premier producteur mondial de soja. Le pays compte déjà 23 millions d'hectares de surfaces cultivées et dans la forêt amazonienne la superficie a augmenté de 13,5 % entre 2001 et 2004. Elle continue de progresser au rythme de 1 million d'hectares par an. Outre la déforestation, la culture du soja génère un appauvrissement irrémédiable du sol. En effet, le sol est naturellement pauvre et seul le substrat entretenu par la forêt est riche et fertile. Après déboisement et culture intensive du soja, la terre est lessivée, appauvrie et les surfaces stériles sont abandonnées car impropres à toutes les cultures. De nouvelles surfaces sont alors défrichées. A ces causes identifiées, un risque majeur pourrait accélérer la destruction de la forêt amazonienne dans les décennies à venir : le développement attendu et annoncé des agrocarburants, pour lesquels les surfaces cultivées nécessaires seront considérables.